Centrum nanotechnologií má v rámci výzkumu a vývoje široce rozvinutou spolupráci s mnoha tuzemskými a zahraničními univerzitami technického zaměření.
Centrum nanotechnologií spolupracuje také s řadou tuzemských průmyslových podniků a výrobních i obchodních společností, a to jak v rámci grantových projektů podporovaných z veřejných prostředků, tak i v rámci doplňkové činnosti na základě uzavřených hospodářských smluv.
Výsledky takovéto spolupráce jsou poté neprodleně zaváděny do praxe a publikovány v impaktovaných časopisech.